Однолетнее растение, имеющее жгучий вкус. Цветет с мая до сентября, плоды созревают в июле-октябре. В народной медицине используют надземную часть. Траву заготавливают во время цветения, в июне-августе. Водяной перец применяют в народной медицине как кровоостанавливающее средство при различных кровотечениях. В медицине он применяется как средство, повышающее свертываемость крови и уменьшающее проницаемость сосудов.

В домашних условиях можно приготовить настой или чай из травы водяного перца в пропорции 1:10 и принимать при маточных и геморроидальных кровотечениях по 1 столовой ложке 3-4 раза в день. Вместо настоя можно также принимать порошок из измельченной травы на кончике ножа, запивая его небольшим количеством воды комнатной температуры.
В народной медицине такой настой употребляют еще и при кишечных кровотечениях в поносах, водянке, камнях в почках и мочевом пузыре. Наружно отвары травы применяют как болеутоляющее и раздражающее средство. 
Особенно хорошо помогает лечение водяным перцем геморроя. При этом заболевании наряду с приемом настоя или отвара внутрь делают из последнего сидячие ванны. 
Из травы водяного перца готовят также препарат мочегонного действия.