В народной медицине широкое применение получили рыльца пестиков. Собирают не полностью цветки, а только рыльца пестиков. Свежесобранные рыльца содержат относительно большое количество гликозидов каротиноидной природы. Протокроцин при сушке расщепляется на более простые гликозиды - кроцин и пикро-кроцин. Популярность в мире крокус завоевал благодаря применению в качестве пищевой краски и ароматной пряности.

В то же время шафран достаточно широко используется в медицине - преимущественно в качестве антиспазматического и стимулирующего средства при лечении гинекологических заболеваний, а также заболеваний ЖКТ.